医療費控除とセルフメディケーション税制の違い2026年｜選び方・対象医薬品・一定の取組・確定申告書き方

Capital Insight 編集部

2026/4/22 公開

医療費控除とセルフメディケーション税制はどちらか一方のみを選択して適用する所得控除制度で、2026年分（令和8年分）はセルフメディケーション税制の適用期限最終年にあたる重要な年です（現行制度は2026年12月31日まで）。本記事では両制度の違い、対象医薬品、控除額、選び方、確定申告での書き方、2026年改正点を整理します（国税庁 No.1131 セルフメディケーション税制と医療費控除の選択適用（公式）・厚生労働省セルフメディケーション税制（公式））。関連記事：確定申告e-Tax2026／年末調整2026書き方／ふるさと納税ワンストップ2026／年収の壁2026。

免責事項：本記事は情報提供を目的とした一般的な税務解説であり、特定の税理士・医療機関・医薬品の勧誘や推奨ではありません。制度は毎年改正され、個別ケースで取扱が異なります。将来の税額・還付額を保証するものではなく、最終判断は国税庁・厚生労働省・税理士での確認のうえ、ご自身の責任において行ってください。

両制度の基本｜医療費控除とセルフメディケーション税制

医療費控除（所得税法上の所得控除）

対象：治療費・通院交通費・歯科治療・一般医薬品（OTC含む）・妊娠出産等の医療関連費
計算：(支払額-保険金補填額)-10万円 or 総所得200万円未満なら総所得×5%が控除額
上限：200万円
誰の医療費：本人＋生計を一にする親族の医療費
申告方法：確定申告必須・明細書添付・領収書は5年間保管
適用期間：恒久的な制度

セルフメディケーション税制（医療費控除の特例）

対象：スイッチOTC医薬品（医師処方の医薬品がOTC化されたもの）の購入費
計算：(購入額-保険金補填額)-12,000円が控除額
上限：88,000円
適用条件：健康診査・人間ドック・予防接種等の「一定の取組」実施が必須
申告方法：確定申告必須・明細書＋一定の取組を証明する書類添付
適用期間：2017年1月1日〜2026年12月31日（現行制度の最終年）
注意：医療費控除との併用不可・どちらか一方のみ選択

違いを表で整理｜両制度の比較

本セクションの参照元は国税庁公式・厚生労働省公式・三菱UFJ信託銀行解説・各税理士解説です。

制度の位置づけ：医療費控除は所得税法の恒久的な所得控除、セルフメディケーションは特例（2026年12月末まで）
対象医療費：医療費控除は幅広い医療関連費、セルフメディケーションはスイッチOTC医薬品のみ
控除基準額：医療費控除は10万円or総所得5%、セルフメディケーションは12,000円
控除上限：医療費控除200万円、セルフメディケーション88,000円
一定の取組：医療費控除は不要、セルフメディケーションは健康診査等の証明必要
適用の自由度：どちらか一方を選択・毎年選び直し可能
関連記事：確定申告e-Tax2026

医療費控除の対象｜含まれる/含まれないもの

医療費控除の対象となるもの

病院・診療所での治療費・入院費
歯科治療（保険診療＋自由診療の一部）：虫歯治療、インプラントは状況による
医師処方の医薬品
治療目的のOTC医薬品：風邪薬・湿布等の市販薬
通院のための交通費：電車・バス代（タクシーは公共交通機関が使えない場合のみ）
妊娠・出産関連費：定期検診・分娩費・入院費
眼鏡：治療目的の処方眼鏡（老眼等のみは対象外）
介護保険のサービス費：訪問介護・デイサービス等の一部
不妊治療：保険適用範囲＋医師管理下
PCR検査：医師判断で受けた検査

医療費控除の対象外

健康診断・人間ドック（健康な場合）：病気が見つかれば対象に
予防接種：インフルエンザ予防接種等
ビタミン剤・サプリ：治療目的でないもの
美容整形：二重まぶた・痩身等
歯のホワイトニング：美容目的
通院のタクシー代：公共交通機関が使える場合
健康食品：治療に使われないもの

セルフメディケーション税制｜対象医薬品と一定の取組

対象医薬品（スイッチOTC医薬品）

スイッチOTCとは：医師の処方が必要だった医薬品が薬局で購入可能になった市販薬
確認方法：パッケージに「セルフメディケーション税控除対象」のマーク、レシートに対象商品として明示
代表例：一部の解熱鎮痛剤・胃腸薬・湿布・アレルギー薬・花粉症薬等
注意：すべてのOTCが対象ではなく、厚生労働省が指定した約1,700成分のみ
購入先：薬局・ドラッグストア・オンラインショップ（対象商品のみ）

「一定の取組」の要件

対象となる取組：①特定健康診査、②予防接種、③定期健康診断、④健康診査、⑤がん検診
証明書類：結果通知書・領収書等で「取組」を証明
対象年：その年に行った取組が対象（前年実施は不可）
本人のみ：本人が取組をしていれば、家族分のスイッチOTC購入費も合算可能
簡単な取組：会社の健康診断・市町村のがん検診など無料/低コストのものが多い

どちらが得？選び方のシミュレーション

医療費控除が有利なケース

年間医療費が10万円（or 総所得×5%）を大きく超える
入院・手術・分娩等の高額医療費
歯科治療（インプラント等の自由診療含む）
通院交通費が多い
家族全員分の医療費を合算できる

セルフメディケーション税制が有利なケース

年間医療費が10万円未満でスイッチOTC購入が多い
慢性的な花粉症・アレルギー・胃腸不調でOTCを定期購入
健康診断・人間ドック・予防接種を受けている
病院にほとんど行かず市販薬で対処が中心
控除額の目安：スイッチOTC購入額が12,000円〜100,000円の範囲で有利

選び方の実例

例1：年間医療費8万円、スイッチOTC5万円、健康診断あり → セルフメディケーション有利
例2：年間医療費15万円、スイッチOTC1万円、健康診断あり → 医療費控除有利
例3：年間医療費20万円、スイッチOTC10万円、健康診断あり → 医療費控除の方が控除額が大きい場合が多い
シミュレーション推奨：国税庁「確定申告書等作成コーナー」で両方試算して比較

確定申告での書き方｜e-Taxと紙申告

共通の流れ

医療費・医薬品購入費の領収書/レシートを1年分集める
どちらの制度が有利か試算：国税庁公式の計算ツール使用
明細書を作成：医療費控除は「医療費控除の明細書」、セルフメディケーションは「セルフメディケーション税制の明細書」
確定申告書に記入：所得控除欄の該当箇所
必要書類を添付：セルフメディケーションは「一定の取組」を証明する書類
e-Tax送信 or 税務署提出
還付金を受け取り：1〜2ヶ月で指定口座に振込

医療費控除の明細書

1.医療を受けた方の氏名：本人・配偶者・扶養家族等
2.病院・薬局等の名称：領収書の発行元
3.医療費の区分：診療・治療・医薬品購入・その他
4.支払った医療費の額：領収書の金額
5.生命保険や社会保険などで補填される金額：入院給付金等
マイナポータル連携：医療費通知で自動取得可（確定申告e-Tax2026）

セルフメディケーション税制の明細書

対象医薬品の購入先・商品名・金額：レシートを整理
一定の取組の内容：健康診査・予防接種等
取組を証明する書類：結果通知書・領収書等を添付

2026年のトレンドと改正

本セクションの参照元は国税庁令和7年分確定申告特集・厚生労働省公式・税制改正大綱です。

セルフメディケーション税制の期限：2026年12月31日までが現行制度の期限（国税庁令和7年分セルフメディケーション税制）
延長/恒久化の動向：税制改正大綱での延長議論があり、最新情報は国税庁公式で確認
マイナポータル連携の拡大：医療費通知の自動取得・OTCレシートの電子連携
スイッチOTC医薬品の拡大：対象成分が段階的に追加
OTCレシートのデジタル化：電子レシート・QRコード付きレシート
e-Tax専用申告の推奨：ペーパーレス化の進展
健康経営との連携：企業の健康診断・健康経営施策とセルフメディケーションの親和性
外国人居住者向け多言語対応：多言語ガイドの拡充
関連記事：確定申告e-Tax2026・ふるさと納税ワンストップ2026

よくある質問

Q1. 両制度は併用できる？

併用はできません。医療費控除とセルフメディケーション税制はどちらか一方のみを選択して適用する制度です（国税庁 No.1131 選択適用）。同一年内に両方を申告することはできず、毎年どちらが有利か試算して選び直すことが可能。家族全員分の医療費と医薬品購入を整理してから、国税庁「確定申告書等作成コーナー」等で両方のシミュレーションを行い、控除額が大きい方を選択するのが標準的な進め方です。関連記事：確定申告e-Tax2026。

Q2. セルフメディケーション税制は2026年で終わる？

現行制度は2026年12月31日までが適用期限です（厚生労働省セルフメディケーション税制）。2017年1月に開始された特例制度で、これまでも延長されてきた経緯がありますが、2026年分（令和8年分）以降の延長・恒久化は税制改正大綱での議論次第で確定していません。2026年分の購入費は2027年2月16日〜3月16日の確定申告期間で申告可能なので、現行制度の最終年として購入記録を整理しておくのが安全。最新情報は国税庁・厚生労働省の公式発表で確認してください。

Q3. 「一定の取組」にはどんなものがある？

セルフメディケーション税制で必須となる「一定の取組」は5種類：①特定健康診査（メタボ健診）、②予防接種（インフルエンザ・新型コロナ等）、③定期健康診断（勤務先の法定健診）、④健康診査（人間ドック・市町村の健康診査）、⑤がん検診（市町村・職場のがん検診）です（厚生労働省公式）。本人が1つでも実施していれば、家族分のスイッチOTC購入費も合算して控除対象。会社の健康診断・市町村のがん検診等は無料または低コストで受けられるため、セルフメディケーション税制を活用したい人には負担が小さい要件です。結果通知書・領収書は確定申告時の添付書類として保管を。

Q4. マイナポータル連携で何が自動化される？

マイナポータル連携を使うと医療費通知（マイナ保険証で受診した医療費情報）が確定申告書等作成コーナーに自動転記されます（確定申告e-Tax2026）。医療費控除の明細書作成の手間が大幅削減され、領収書を1枚ずつ手入力する必要がなくなります。2026年は生命保険料控除・ふるさと納税寄付金受領証明書・公的年金等源泉徴収票等も連携対象で、確定申告全体の自動化が進展。セルフメディケーション税制のOTC購入レシートも一部ドラッグストアで電子レシート化が進んでおり、将来的には自動連携の拡大が見込まれます。マイナポータル連携は事前に各機関との連携設定が必要で、国税庁の確定申告書等作成コーナーで「マイナポータル連携」ボタンから一括取得が可能です。関連記事：ふるさと納税ワンストップ2026。

参考：医療費控除・セルフメディケーション税制2026年の主要ソース

政府｜国税庁 No.1131 セルフメディケーション税制と医療費控除の選択適用（公式）
政府｜国税庁令和7年分セルフメディケーション税制特集（公式）
政府｜国税庁確定申告書等作成コーナー医療費控除とセルフメディケーション税制の違い（公式）
政府｜厚生労働省セルフメディケーション税制（公式）
信託銀行｜三菱UFJ信託銀行コラムVol.22 医療費控除とセルフメディケーション税制
解説｜スマッシュ経営セルフメディケーション税制と医療費控除どっちが得
解説｜マイナビ健康経営医療費控除とセルフメディケーション税制
解説｜マネードクター医療費控除とセルフメディケーションの使い分け
シミュレーション｜田辺ファーマヒフノコトセルフメディケーション税制シミュレーション
団体｜日本OTC医薬品協会セルフメディケーション税制
海外｜Denpyo Medical Expense Deduction Japan 2026
海外｜IBM Japan Health Insurance Medical Expenses Deductions
海外｜Takeda Health Insurance Medical Expenses Deductions
海外｜Sony Health Insurance Medical Expenses Deductions
海外｜Works Human Intelligence Health Insurance
中華圏｜知乎日本高額医療費用報銷制度
中華圏｜知乎日本医療費と高額療養費制度
中華圏｜網易日本医療費患者負担

注意：税制は毎年改正があります。最終判断は国税庁・厚生労働省・税理士で確認してください。本記事の情報は2026年4月時点の公開情報に基づく参考として活用してください。

まとめ｜2026年版・医療費控除vsセルフメディケーションの本質

医療費控除とセルフメディケーション税制はどちらか一方を毎年選択する所得控除制度。医療費控除は恒久的な制度で幅広い医療関連費が対象・10万円超の基準額・上限200万円、セルフメディケーション税制は2026年12月末までの特例でスイッチOTC医薬品のみ・12,000円超の基準額・上限88,000円・「一定の取組」実施が必須。高額医療費がある年は医療費控除、市販薬中心で健康診断も受けている年はセルフメディケーションが有利。マイナポータル連携で医療費通知の自動取得が可能になり、e-Taxでの申告が便利に。2026年はセルフメディケーション税制の現行制度最終年として購入記録を整理し、国税庁「確定申告書等作成コーナー」で両制度のシミュレーションを行って最適選択を。最終判断は国税庁・厚生労働省・税理士への相談が確実です。関連記事：確定申告e-Tax2026・年末調整2026書き方・ふるさと納税ワンストップ2026・年収の壁2026。

※本記事は2026年4月時点の公開情報・国税庁/厚生労働省の政府公式資料・税理士/金融機関解説を参考に執筆しています。税制・手続は毎年改正され、個別ケースで異なります。最終判断は国税庁・厚生労働省・税理士への相談のうえ、ご自身の責任で行ってください。本記事は金融商品取引法上の投資助言・勧誘ではなく、情報提供を目的としています。